La región posee una gran diversidad de ecosistemas, que incluyen desde zonas de bosques de altura y tropicales, formaciones desérticas, zonas áridas y secas gran parte del año, planicies húmedas, sierras y valles en donde las prácticas agrícolas y la ganadería han sido factor entre otras cosas de deforestación y degradación del suelo. En las partes altas la vegetación se compone de diversas variedades de pino y encino, y en la zona media hay algunos manchones de selva alta perennifolia en rápido proceso de transformación. En las tierras templadas de las zonas medias de la vertiente del Golfo se ubican pequeñas áreas de selva baja caducifolia y selva mediana con vegetación secundaria arbustiva, en la que destacan especies maderables de relevancia económica, acompañadas de especies empleadas con fines forrajeros y leñosas. Estos manchones de selva se entremezclan con cafetales y, de manera creciente, con espacios pecuarios.
En las lomas de las zonas bajas la vegetación dominante está compuesta de selva baja caducifolia y mediana, con vegetación secundaria de tipo arbustivo, pastos naturales e inducidos. Además, existen plantaciones de árboles frutales para el consumo familiar (mango, papaya silvestre, jobo, ciruelo silvestre, chicozapote y mamey), y comerciales, como cítricos, pimienta gorda y palma camedor. Es aquí, en las partes bajas, donde se sitúan los potreros más grandes de la Huasteca
Los principales cauces fluviales regionales son los ríos Pahuatlán y Pantepec en Puebla.
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